Im Folgenden sind einige Möglichkeiten des Fledermausschutzes aufgelistet:

Fledermauskolonien dürfen nicht zerstört werden. Wenn Tiere umgesiedelt werden müssen (z.B. bei einem Hausabbruch), sollte dies in eine vergleichbare Umgebung erfolgen. Jedoch keine Aktion während der Jungenaufzucht (Ende Mai bis Ende August) durchführen.

Störungen von Fledermausquartieren durch Menschen sind unbedingt zu vermeiden. Besonders schädlich wirken sich Störungen in den Winterquartieren (Oktober bis April) sowie in den Wochenstuben (Weibchen mit Jungen) aus. Beim Begehen von Höhlen mit Fackeln oder sogar mit Elektrolampen werden Fledermäuse aus dem Winterschlaf geweckt. Dabei verbrauchen sie Energie, die sie im Winter nicht wieder ersetzen können. Auf Begehungen von Winterquartieren sollte daher grundsätzlich verzichtet werden.

Reparaturarbeiten an Häusern mit Fledermausvorkommen dürfen erst begonnen werden, wenn die Fledermäuse das Sommerquartier verlassen haben (ab Mitte/Ende September). Fledermäuse sind gesetzlich geschützt. In Dachstühlen, Kirchtürmen, Scheunen, in zugluftfreien, feuchten und frostsicheren Bier- und Eiskellern, in Gewölben und unterirdischen Gängen sollten Ein- und Ausflugöffnungen für die Fledermäuse offen bleiben. Beim Um- oder Neudecken eines Daches können Lüftungsziegel ohne Sieb eingebaut werden. Wenn Holzimprägnierungen unumgänglich sind, sollten wenigstens die Hangplätze frei bleiben oder mit unbehandelten Brettern umnagelt werden. Die Arbeiten sollte erst dann ausgeführt werden, wenn die Fledermäuse im Winterquartier sind. Das "Heißluftverfahren" ist zwar aufwendiger, erspart aber den Giftmitteleinsatz.

Schaffung neuer Quartiermöglichkeiten - Sommerquartiere
An Gebäuden können sogenannte Fledermausbretter angebracht werden, die man selber bauen kann und dann von den Tieren gerne angenommen werden. In Gärten mit Baumbestand und im Wald können für Fledermäuse bestimmte Nistkästen aufgehängt werden. Die Kästen sollten in Gruppen zusammenhängen, am besten an dicken Bäumen in 3 - 5 m Höhe mit Flugloch nach Süden oder Südwesten. Auf freien Zuflug muss geachtet werden. Die Anbringung sollte in Misch- oder Laubwäldern oder an windgeschützten Waldrändern erfolgen. In Dachstühlen sollte an geeigneten Stellen (Giebelspitzen, Dachvorsprüngen, Hausverkleidungen) eine genügend breite Öffnung offen bleiben. Oft reichen fingerbreite Schlitze, um Einschlupfmöglichkeiten zu bieten. An sonnenbeschienenen Südwänden können unbehandelte Holzbretter (Fensterladenersatz) als Sommerquartiermöglichkeit angebracht werden.

Schaffung neuer Quartiermöglichkeiten - Winterquartiere
Ein Tor oder Gitter mit querliegenden Stäben gibt Fledermäusen eine Einflugmöglichkeit (Salamandern usw. Einschlupfgelegenheit) und verweigert Unbefugten trotzdem den Zugang zu Stollen, Gewölben, Bunkern, Höhlen, Kellern oder unterirdischen Gängen. Die Gitter sollten aus runden Stahlstangen gefertigt werden, die einen Abstand von 15 cm haben sollten. Bereits vermauerte Eingänge sollten durch Einflugschlitze für Fledermäuse wieder zugänglich gemacht werden. Die Schlitze sollten mindestens 10 cm hoch und 50 cm breit sein. Um Keller, Bunker und Gewölbe für Fledermäuse attraktiv zu gestalten, können Hohlblocksteine an der Decke angebracht werden. Die Öffnungen der Steine müssen nach unten weisen. Günstig sind mehrere Steine, da die Tiere gerne ihr Quartier wechseln.

Läßt sich das Fällen alter Bäume, in denen Fledermäuse vermutet werden, nicht vermeiden, so sollte man vorher den Baum nach Öffnungen absuchen. Manchmal zeigen Urinstreifen direkt unter dem Einflugloch das Vorhandensein von Fledermäusen an. Es sollte unbedingt versucht werden, die Fledermäuse vor dem Baumfällen zum Ausfliegen zu veranlassen (z.B. durch starkes Klopfen mit einer Holzlatte gegen den Stamm). Im Winter ist diese Methode jedoch erfolglos (Winterschlaf).

Eine geschwächte Fledermaus (z. B. nach dem Winterschlaf), die auf dem Boden liegend aufgefunden wurde, kann mit Mehlwürmern gefüttert werden. Auch Wasser sollte nicht fehlen. Man bringt die Fledermaus in einem kühlen Raum unter. Fledermäuse, die im Sommer ermattet auf der Erde liegend aufgefunden wurden, sind oft Jungtiere. Diese können mit Welpenmilch aufgezogen werden und sollten warm stehen. Auf jeden Fall müssen die gefütterten Fledermäuse so schnell wie möglich wieder in die Freiheit entlassen werden (sofern es die Witterung zulässt), denn Fledermäuse sind keine Haustiere.

Ein effektiver Artenschutz heißt auch hier Biotopschutz, d.h. auch Lebensraum und Nahrungsgrundlage der Fledermäuse müssen erhalten werden. Die Insektizidanwendung muß eingeschränkt werden, alte Bäume, Misch- und Eichenwälder müssen erhalten werden. Feldgehölze und Hecken müssen bleiben, ebenso die Kleingewässer und Feuchtgebiete.